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多药外排转运体,acrb -泵送机制外文翻译资料

 2023-06-26 10:25:08  

英语原文共 7 页,剩余内容已隐藏,支付完成后下载完整资料


可以在www上找到。sciencedirect.com

多药物外排转运体,acrb-泵送机制村上春树1,2,3

耐药结瘤细胞分裂(RND)转运体是导致细菌多药耐药的主要原因之一。它们通过质子动力将大量的抗生素泵出细胞。AcrB是大肠杆菌中主要的RND转运体。近年来,AcrB的晶体结构由不同的空间群决定。所有这些结构都与不对称三聚体相一致。每个单体具有不同的构象,分别对应于输运周期的三种功能态之一。转运疏水药物结合在三个单体之一的周质域。具有交替进入机制的转运途径位于突出到周质空间的亲水区域,而其他转运体家族如ATP结合盒(ABC)和主要促进剂超家族(MFS)转运体的这一机制位于膜嵌入区域。对于RND,质子化也可能不对称地发生在跨膜(TM)区域中功能重要的带电残基上。这些结构表明,药物是通过三步功能旋转来运输的,其中底物经历了有序的结合变化。

地址

1东京理工学院生命科学系,长门,日本横滨226-8503

2大阪大学科学与工业研究所细胞膜生物学系,日本茨崎三冈8-1,大阪567-0047

3通讯作者:村上春树,聪(murakami@bio.titech.ac.jp)

《结构生物学的当前观点》,2008年,18:459-465

这篇评论来自于一个有主题的问题

薄膜

由冈纳尔冯海涅和道格拉斯里斯编辑

2008年8月9日在线发售

0959-440X/$-参见正面问题

#2008爱思唯尔有限公司。保留所有权利。

多伊10.1016/j.sbi.2008.06.007

介绍

细菌性多药耐药性的出现是传染病治疗中一个日益严重的问题。细菌多药耐药的一个重要原因是多药外排转运体的表达,它将药物输出出细胞[1].AcrB及其同源物是革兰氏阴性菌中主要的多药外排转运体,当它们过度亲时具有内在的耐受性和多药耐药性

引起的2–5].AcrB与外膜通道TolC和膜融合蛋白AcrA合作[6–9].这三方复合物输出各种抗生素、抗菌剂、抗癌化疗药物和有毒化合物,包括阴离子、阳离子、两性离子和中性化合物直接从细胞中出来,由质子动力驱动(图1) [10,11].虽然AcrA-AcrB-TolC整个配合物的晶体结构一直很不成功,但已经对各组分进行了结构分析[12–14].在这个复合物中,内膜成分,AcrB决定了底物的特异性,并主动输出底物[15].为了了解多药转运体对多药识别和主动转运的分子机制,我们对AcrB进行了x射线晶体学分析。

在2002年,AcrB的第一个晶体结构被解决

我们的团队16].同样非常值得注意的是,AcrB是

第一个结构为的二级活性转运体

以高分辨率解决[17].三个AcrB原聚体是

组织成一个同源三聚体[18].在这里使用的晶体

研究属于三角形R32空间群,具有晶体-

沿着中心的三轴旋转轴

三聚体所以,每个原聚体都有相同的结构,因为

晶体学对称在2006年,我们解决了新的晶体

有和没有底物的AcrB的结构

属于单斜c2空间群,具有较低的空间群

晶体的对称性比以前的晶体更强[19].

以c2形式求解的整体结构基本为

与我们之前的三角crys-结构一致

tal.然而,在新的晶体形式中,AcrB和AcrB-

药物复合物由三种不对称的原聚物组成,

每一个都有不同的构象

到运输周期的三种功能状态之一:

进入、绑定和挤压(松散,紧密和开放

其他文献,分别为[20]) [21].绑定

底物存在于hellip;hellip;的芳香族结合袋中

只有三个原聚体中的一个。在这个口袋里,有

许多芳香族氨基酸残基的结合氢-

光光底物通过芳香-芳香相互作用

[ 19].口袋里不同的侧链形式不同

识别不同底物的结合位点。机械的

激发,多位点结合,为多底物

在可溶性多药物结合中也发现了识别

转录因子22].一个芳香族残基的突变

在口袋里可以改变底物的特异性

传递蛋白23].

AcrB的不对称结构

其他研究小组解决了不同空间组中的不对称AcrB结构。Pos和同事

460膜

图1

提出了AcrA-AcrB-TolC复合物的模型。AcrA的结构14和TolC[12],根据AcrB-tolc[9和AcrA-TolC[50].

在3处以P1的形式求解。0 A˚分辨率和C2形式[20].Grtter和他的同事们在P2中解决了这个问题12121表单在2。5 A˚决心24].这是为AcrB结构报告的最高分辨率。他们通过设计的锚蛋白重复蛋白(DARPin)分子结合剂成功地提高了晶体质量。这是第一个利用DARPin方法成功构建整合膜蛋白的结构。在这两种晶体形式和我们的c2形式中,AcrB三聚体的结构是不对称的。令人惊讶的是,AcrB三聚体的这三种结构在主链示踪中基本一致,尽管它们有不同的晶体包装。这三个研究小组都得出结论,不对称结构对该转运体的药物出口很重要。

基于在AcrB的原聚体中观察到的三种不同的构象,我们提出了AcrB的转运

药物通过三步功能旋转机制,药物在结合过程中发生有序变化(图2).在进入状态下,前庭对膜的周质和膜的外小叶开放,但结合袋仍然缩小。在这种状态下,潜在的基质可以进入前庭。在结合状态下,前庭保持开放,结合袋被扩大以容纳基质。因此,药物进入细胞膜上方的前庭,通过摄取通道,结合到扩大的底物结合袋中的不同位置。在这一阶段,从结合袋的出口被从“挤压”前聚体倾斜的中心螺旋(以前称为“孔”螺旋)所阻塞[25].然后,在挤压状态下,前厅被关闭,出口被打开,因为中心螺旋倾斜离开。由于结合袋的收缩,结合的药物被推到漏斗的顶部。在基材挤压后,原聚物返回到进入状态,以便下一个基材合并。这些结构变化与质子跨膜的易位相结合。跨膜结构域中带电基团(D407、D408和K940)的质子化和去质子化会影响底物的可及性或影响底物的结合或挤压。构象循环和功能

AcrB的旋转与F中的旋转催化作用相似1Fo-atp酶26].

在中的前聚体和/或亚结构域的二硫键交联

周质结构域的可移动区域

说明了灵活性的功能重要性

这些区域在基质的出口中出现了变化[27,28].

通过还原二硫醚来去除交联

化学键导致了底物输出的重新激活

活动此外,结构上的变化也发生在了

周质结构域被传递到细胞膜上

融合蛋白,AcrA和外膜通道,TolC

[29].当引入AcrB时,它的可访问性

半胱氨酸残基到硫醇反应底物也是

受其他基质存在的影响。这些

结果表明,构象的变化是重要的

在由该转运体输出底物的过程中,[30].这些

结果表明,阿拉伯的不对称三聚体

有序的构象变化是生理上的

相关形式和结构波动是重要的

蚂蚁的功能旋转机制在这个反式-

看门人

在许多情况下,同源低聚的蛋白质复合物从对称状态转变为不对称状态,以促进单体的催化。变构和协同作用是控制蛋白质功能的常见例子和聪明的策略[31,32].这些构象之间的结构波动通常很小,它们之间的能量差也小到足以受到晶体填充力的限制。

AcrB介导的功能旋转有序多药物结合变化机制示意图。(上)从细胞的远端开始的俯视图。(下)从平行于膜平面的侧面看的视图。

然后就会出现一个问题。什么是sym

AcrB三聚体的度量结构?这只是一个人工制品吗

水晶包装?均方根偏差(RMSD)

不对称的原聚体之间的Ca坐标

结构以及对称结构的原聚体

已计算出20,24].结构偏差为-

三聚体中的前聚体远远超过

2 A˚.相反,RMSD之间的访问状态

在不对称三聚体中,其结构在

对称三聚体均小于1A˚[20].换句话说

用三角晶体求解了其对称结构

进入所有三个原聚物的访问状态。访问状态

有一个基质打开的构象

前厅就在外层小叶的上方开放,也就是说,

壁膜间隙这个对称的结构可能是的吗

有三个开放前庭的生理休息状态

对于基底,与真空吸尘器机械装置相一致

anism [33,34]?

起源体的不对称结构变化

用于旋转催化的蛋白质

其功能旋转机制与F1Fo-atp酶26].AcrB和F的亚基组成有很大的相似性1-ATPase。AcrB单体的结构在N端和C端半之间具有伪双对称结构,可能是通过基因复制进化而来的。AcrB的三聚体具有伪六重对称性。F的核心成分1-atp酶是由一个3b3组成的。由于a亚基和b亚基相似,a3b3配合物也具有伪六重对称性。然而,AcrB三聚体与F1-ATPase。在F1-atp酶,在a3b3单元的中心有一个不对称的g亚基,但在AcrB中没有等效的亚基[35].长期以来,人们一直认为这种轻微弯曲和倾斜的g亚基对不对称结构起着重要的作用

462膜

特征和这个特征与物理特征直接相关

F的旋转1-atp酶36].最近,轴的旋转

小于F1-atp酶由木下组测定

日本37].在这个测量中,g的一个主要部分

亚基,它突出在F的a3b3亚基内1-

atp酶被截断。然而,由此产生的工程

蛋白质仍然可以向正确的方向旋转,这意味着

扭矩的产生。因此,不需要g子基

对于旋转催化作用,它也不需要

a3b3亚基的不对称性。相反,不对称

在3b3亚基中可能通过ATP的结合来决定

到a3b3复合体中的一个b亚基。在类似的

时尚,底物与AcrB原聚物之一结合

可以确定AcrB三聚体的不对称性。

结合的底物会迫使原聚物进行结合

状态和构象变化

口袋将施加访问和挤压状态

邻近的前分子。为了探测是否

AcrB三聚体的对称结构将是

生理静息状态,对称结构

AcrB三聚体的无底物状态应该用-来解决

三重晶体对称,如在单-

临床C2形式。尽管如此,一些结构已经被证实

在不添加药物或毒性的条件下解决

在该化合物下,AcrB难以结晶

在无底物的条件下,因为洗涤剂是

被认为是AcrB的

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