CHO代谢网络模型构建与分析文献综述
2020-06-30 09:06
文 献 综 述 背景:细胞的生长和分化由众多代谢物共同作用完成,涉及到许多代谢途径。
在细胞内,很多代谢途径之间相互交连,形成复杂的代谢网络。
所以,我们在进行研究时需要从系统生物学的观点出发,利用计算机技术和数学软件,对细胞的整体代谢网络模型进行研究,深入地了解细胞的生长与分化。
[1]与生物代谢网络相关的系统生物学计算方法包括有代谢途径分析(Metabolic pathway analysis)和有约束代谢通量分析等。
代谢途径分析的算法主要包括基元模式(Elementary mode)和极端途径(Extreme pathway),其中基元模式分析是应用最多的代谢途径分析方法。
[2] 1、代谢途径分析 代谢途径分析研究代谢网络中从底物生成产物的可能途径以及内部代谢产物的循环。
代谢途径分析中的大多数算法都是以凸分析为基础的,主要包括极端途径和基元模式。
[3]代谢流分析对于研究不同路径之间的相互作用和在特定条件下围绕代谢分支点的通量分布是很有用的。
[4]近年来,为了评估新陈代谢通量的动态演化,开发了动态代谢流分析(DMFA)。
研究动态代谢流分析的凸性分析方法,通过动态代谢流分析评估动态代谢通量的进化,提出了一种基于凸分析的替代动态代谢流分析。
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